La Universidad Autónoma de Querétaro fue evaluada como una de las 20 mejores universidades de México, según la clasificación de QS World University Rankings 2019.
QS World University Rankings calificó a la institución con un ranking de 34.3 puntos, colocándola en el lugar número 14 a nivel nacional, por arriba de universidades como la Universidad Veracruzana.
El ranking fue elaborado conforme a los estatutos de la compañía británica Quacquarelli Symonds, especialista en estudios y educación en el extranjero, el cual usa para su cálculo factores como la reputación académica, reputación del empleador, la relación estudiante-facultad, citaciones por facultad y la relación entre catedráticos internacionales y estudiantes internacionales.
Las universidades del área metropolitana de la Ciudad de México, como la Universidad Autónoma Metropolitana, el Instituto Politécnico Nacional, el Instituto Tecnológico Autónomo de Monterrey y la Universidad Nacional Autónoma de México, ocuparon los primeros lugares a nivel nacional, a excepción del Instituto Tecnológico de Monterrey, el cual quedó en el segundo lugar nacional.
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