Si un signo distingue a nuestro idioma es la ñ. Surge como tal en el siglo xii. Su propósito fue representar un sonido totalmente inexistente en el latín. Los gramáticos lo definen como nasal (que sale por la nariz) palatal (el dorso de la lengua se apoya en el paladar). En varias lenguas romances surgió el sonido, pero empezó a adquirir particularidades regionales. Así, sonidos similares se representaron en otros idiomas con gn (italiano y francés) y gh (en el portugués).  En nuestro idioma, ese sonido llegó a tener tres formas de enunciarse. El más popular fue la n duplicada (nn), pero también gn e, incluso, con ni.

Como muestra de esto último, en algunas regiones del sureste de nuestro país, particularmente en Yucatán, es común escuchar la pronunciación ‘ninia’ para ‘niña’.

Sin embargo, hasta antes del siglo xix la forma más popularizada de representar ese sonido fue la n duplicada. Pero, a fin de facilitar su escritura y ahorrar papel y tinta, poco a poco adquirió el trazo ondulado superior para dar a entender la duplicación.

Para el siglo x el idioma culto era el latín. Leyes, cartas entre reyes o sentencias judiciales se enunciaban en esa lengua. Sin embargo, cuando llegó al trono Alfonso X (siglo xii) observó que el castellano era una lengua de uso extendido entre los hablantes del reino y que el latín estaba restringido a monjes y nobleza. Para facilitar la difusión y comunicación en el reino —de forma práctica, para no tener dos idiomas— decide oficializar el idioma del reino de Castilla y lo llama castellano. Así, dejó de ser una lengua vulgar para transformarse en culta.

Entre las reformas que introdujo para el uso del castellano formalmente, Alfonso X incorporó las tres opciones arriba señaladas para el sonido. Así, José Antonio de Nebrija en su Gramática y, posteriormente en el Diccionario, contempla el sonido, pero recurre a la gn para representarlo.

La ñ fue incorporada oficialmente a nuestro alfabeto por la Real Academia Española hasta 1803. Pero ahora es el signo distintivo. Ello debido a que con el desarrollo de la tecnología había una fuerte resistencia a tenerla en el teclado. Es decir, había la alternativa de obtener la virgulilla al igual que los acentos y la diéresis. Ello en virtud de que otros idiomas cuentan con signos con esos trazos. Sin embargo, la firmeza en sostener que es una consonante autónoma y no un signo que puede modificar su sonidos (como sucede en el francés con la c con cedilla, ç) terminó por ser el argumento para incorporarla a los teclados (durante un tiempo a la cedilla le pasó lo mismo, pero terminó por desaparecer de los teclados genéricos).

Muchos otros idiomas tienen consonantes o vocales con ese rasgo por encima (llamado tilde o virgulilla), pero ninguno de esos sonidos es idéntico al actual de la ñ de casi todo el mundo de habla hispana.

Los idiomas americanos con la aplicación del alfabeto español, debieron recurrir a la ñ de forma muy regular como el ñanú, conocido popularmente como otomí.