En el Sistema Nacional de Alerta de Violación a los Derechos Humanos, se coloca al Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), como la dependencia federal en materia de salud con más quejas ante la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH).
Según su reporte, durante el año se han presentado en Aguascalientes 39 quejas de las cuales 20 tienen que ver con el Seguro Social, equivalente al 51.28%.
Los principales motivos de queja son por la omisión al proporcionar atención médica, deficiencia en trámites médicos, faltas a la honradez, lealtad, imparcialidad y eficacia en el desempeño de las funciones, cargos o comisiones, negligencia médica, omitir suministro de medicamentos, prestar indebidamente el servicio público, limitar acceso al servicio y obstaculizar o negar las prestaciones de seguridad social a quien tiene derecho.
Por su parte, el Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores del Estado (ISSSTE), es la segunda dependencia con más quejas entre las que destacan: la omisión al proporcionar atención médica, dilación de procesos administrativos, faltar a la legalidad, honradez, lealtad y eficacia en el desempeño del servicio, negligencia médica y omitir suministros de medicamentos.